| 学院 | 理学院 |
| 工学院 | |
| 物質理工学院 | |
| 情報理工学院 | |
| 生命理工学院 | |
| 環境・社会理工学院 |
| リベラルアーツ研究教育院 |
| 科学技術創成研究院 |
| 学部 | 理学部 |
| 工学部 ※ |
| 大学院 | 理工学研究科工学系 ※ |
| 生命理工学研究科 ※ | |
| 総合理工学研究科 | |
| 社会理工学研究科 | |
| イノベーションマネジメント研究科 ※ |
| 国際先駆研究機構 |
| 研究拠点組織 | 地球生命研究所 |
| 元素戦略MDX研究センター |
| 附属科学技術高等学校 |
| 附属図書館 ※ |
| 共通教育組織 | イノベーション人材養成機構 |
| 物質・情報卓越教育院 | |
| 国際教育推進機構 | |
| リーダーシップ教育院 | |
| 超スマート社会卓越教育院 | |
| エネルギー・情報卓越教育院 | |
| データサイエンス・AI全学教育機構 |
| 共通支援組織 | 保健管理センター |
| 学生支援センター | |
| ものつくり教育研究支援センター | |
| 教育革新センター | |
| 学術国際情報センター ※ | |
| 放射線総合センター | |
| 極低温研究支援センター ※ | |
| 博物館 |
| 事務局 | 管理担当部署 | 主な管理担当課等 |
| 監査事務室 | 監査事務室 | |
| 総務部 | 総務課 総務課秘書室 総務課業務改革室 人事課 人事課労務室 広報課 安全企画課 すずかけ台総務課 |
|
| 財務部 | 主計課 経理課 契約課 すずかけ台会計課 |
|
| 企画・国際部 | 国際連携課 企画・評価課 社会連携課 |
|
| 学務部 | 教務課 教務課教育プログラム推進室 学生支援課 留学生交流課 入試課 附属科学技術高等学校業務推進課 |
|
| 研究推進部 | 研究企画課 国際推進課 研究資金支援課 産学連携課 情報図書館課 情報基盤課 |
|
| 施設運営部 | 施設総合企画課 施設整備課 再開発推進室 |
|
| 学院等事務部 | 理学院業務推進課 工学院業務推進課 物質理工学院業務推進課 情報理工学院業務推進課 生命理工学院業務推進課 環境・社会理工学院業務推進課 リベラルアーツ研究教育院業務推進課 科学技術創成研究院業務推進課 |
| オープンファシリティセンター |
※ の印がついた組織は法人文書ファイル管理簿等を保有していません。
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